写真①は平成28年3月11日に工事業者より森友学園に通知された新たに発生したと称される埋設物の証拠写真。（写真撮影3月30日）
右のメジャーがある写真は埋設物発生確認のため、4月11日に実際に試掘したとされる証拠写真で、深さはGL（地面）-4000（4ｍ）と報告され、この試掘結果に基づき国交省は4月14日付の想定見積8億1974万1947円を見積もる。
いわく本貸付契約記載の5件の土地調査報告書の想定を上回る3.8ｍ地点から埋設物が発生した根拠とされている。（他の７地点の試掘深度はすべて3ｍまで）
だが両者の写真を照合すると写真①の地面から約1ｍほど下がったところのゴミの層と右側の試掘時写真のゴミの層が一致する。（銀杏型のごみから上下左方向に7箇所他） ゴミの層は動かないことから、ゴミの層は地面から約1.8ｍ、粘土層約1.2ｍ即ち掘削深度3ｍとなる。報告された掘削深度は4mであるので1ｍ偽装されたことが判明した。
結論
3.8mの深度は、大幅値引きをするために作り出された虚構だった。
この結果、その後の想定見積、決裁文書、売買契約どれもの根拠が失われた。
Ｎ社が953.1トン（10トントラック95台分※金属くず含め106台分）の埋設物撤去（汚泥、ガラ、木くず、廃材・ゴミ他）並びに1088.63トン（10トントラック116台分）の土壌汚染除去を行ったことを知りながら、撤去前の土地構造調査データを使用し、47.1％というありえないごみ混入率を算定に用いた偽装の疑い。
売払いに関して鑑定を行った不動産鑑定士の鑑定価格は9億5600万であり、1億3400万は意見価格。不動産鑑定士は、この減価算定は最有効使用の原則から経済合理性を逸脱したものと指摘。それを示すように売払後わずか1ケ月半後の平成28年8月10日付で森友学園は13億の不動産鑑定評価書を取得。したがって、売払い価格には経済合理性がない。